なんか手掛かりがつかめた。
試しに、winデータをすべて消して、1件だけ書き込んで見ると・・・
TDIARY2.00.00 Date: 20030320 Title: Last-Modified: 1048142224 Visible: true Format: tDiary [tdiary]さらにテスト 全くデータが無い状態でコピってみる。 win環境：ruby-1.6.4、apache2.0 .
ってな具合に（わかりにくいけど、改行コード？のゴミが付いている）なっていて、こいつのおかげで、どうやら読み込め無い模様。 次は、今のデータをwinにコピって、再びwinで更新してみて、更新日だけにゴミが付くのかどうか確認してみよう！っと。
解りました。
どうやら改行コードらしいです。
winだとCR+LFで、linuxだとLFじゃないと認識しない模様。文字コード自体はwinで更新してもEUCのまま変わらないくせに・・・どういうことかな？
winでは、ってとこの「汎用フィルター」を、linuxならnkfを使えば簡単さ！って思っていたのだが、
nkf -Lu file1 > file2
ってやってもちゃんと直らない。いや改行コードは直って読み込めるのだけど、今度は文字コードが・・・。
違いました。
nkf -eLu file1 > file2 もしくは nkf -ed file1 > file2
でした。